历史沿革：
第二军医大学附属上海长征医院感染科始建于1964年8月，原名传染科（及传染病学教研室），1989年正式更名为感染科。1986年及2002年先后批准为硕士、博士学位授予学科，2004年被批准为博士后工作站。2009年获批上海市感染病专业住院医师规范化培训基地，2013年获批上海市感染病专业专科医师培训基地。
科室状况：
目前展开床位51张，开设有肝炎门诊及肠道门诊，拥有的独立的感染病专科实验室。现有各级各级医疗、护理及科研技术人员共33名，其中高级职称5名。
教学培养：
拥有独立的传染病教研室，承担了第二军医大学医学大专至八年制博士生、护理本科、卫勤管理、毕业后继续教育、临床进修、军队医学高级人才研修班等多专业、多层次人才的临床教学任务，培养硕士、博士研究生计60余名，博士后出站2名。为军队及地方培养了大批专业人才，其中多人已走上医院及临床科室临床岗位。
医疗特色：
长征医院感染科以救治各种慢性肝病、肝功能衰竭、长期不明原因发热及各类复杂/严重感染等为特色。
自上世纪80年代末开始，感染科在国内较早开始了从"传染科"向"感染性疾病科"转型的探索，在诊治经典"传染病"并的基础上，吸收西方发达国家有关感染性疾病专业发展理念，逐步拓展学科发展空间，充分利用综合性医院多学科合作优势，逐步形成了以抗感染药物合理应用、疑难发热及严重感染救治、外科手术后继发感染诊治、肝移植术前保障及术后感染或肝胆并发症的防控等鲜明学科特色。并通过举办临床学习班及各类人才班进修培训，为国内诸多医院培养了新型的感染科专业人才及学科带头人。
在慢性病毒性肝炎及其它肝病（如自身免疫性肝炎、原发性胆汁性肝硬化、遗传代谢性肝病）诊治方面，采用病原体基因诊断、肝穿刺病理诊断、基因型及基因变异分析以及临床免疫学检查等技术，大幅度提高临床诊断准确率，并指导临床合理、规范治疗。各类肝功能衰竭（重型肝炎）的救治存活率达70%以上，处于领先水平，多年来与我院肝移植科合作，针对终末期极危重肝衰竭病例采用急诊肝移植治疗，使一大批垂危患者获得了新生。
国内在抗乙肝病毒药物使用中滥用和乱用现象较为严重，出现较多人为造成的病毒基因型耐药和难治性慢性乙肝患者人群。针对这一现象，我院感染科积极推广慢性乙肝规范化抗病毒治疗理念，结合敏感的乙肝病毒基因耐药检测技术的开发和应用，从初始治疗药物选择、治疗中严密的耐药监测和病毒耐药后早期发现和挽救治疗等各个环节加强乙肝耐药管理，尤其在育龄期及妊娠期乙肝感染者合理抗病毒治疗预防垂直传播方面积累了丰富的经验，并建成了门诊病人定期随访、科普宣教管理系统，极大的方便了患者的就诊、专业咨询和健康管理。首批入选由中国医院协会主办的"鲲鹏计划"首批"中国肝病诊疗示范基地"。
经过二十余年的经验积累，感染科在抗感染药物的临床合理应用、各脏器复杂感染（如中枢神经系统感染、胆道感染、肝脓肿、脊椎感染及各类外科术后继发感染等）的诊治方面积累了丰富的宝贵经验，尤其是在长期不明原因发热的鉴别诊断方面形成了鲜明特色，明确诊断率达90以上。
感染科在注重临床实践的同时，积极开展临床与基础相结合的科学研究，先后承担了国家科技部"十一五"、"十二五"传染病重大专项子课题、国家自然科学基金、军队科技攻关基金及上海市科委、教委等多项科研及教育研究基金，总经费逾千万元；申请多项发明专利，先后荣获国家发明二等奖、国家科技进步二等奖、军队医疗成果二等奖及三等奖等多项成果，科室骨干先后入选上海市公共卫生优秀学科带头人和优秀青年骨干培养计划。